インボイス制度に対応した会計ソフトの選び方｜freee・マネーフォワード・弥生を比較

インボイス制度（適格請求書等保存方式）がスタートしてから、会計処理のやり方が大きく変わりました。「うちの会計ソフト、ちゃんとインボイスに対応しているのかな？」と不安を感じている個人事業主やフリーランスの方も多いのではないでしょうか。

インボイス制度に正しく対応するには、適格請求書の発行・保存、消費税の経過措置計算などに対応した会計ソフトを使うことが不可欠です。手作業で処理しようとすると、記載漏れや計算ミスのリスクが跳ね上がります。

この記事では、インボイス制度で会計ソフトに求められる機能と、主要3社（freee・マネーフォワード・弥生）の対応状況を詳しく解説します。これからインボイス対応を本格化させたい方は、ぜひ参考にしてください。

そもそもインボイス制度とは？会計ソフトとの関係

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存を義務付ける制度です。2023年10月にスタートし、課税事業者が仕入税額控除を行うには、取引先から適格請求書を受け取って保存しておく必要があります。

会計ソフトとの関係でいうと、大きく分けて3つの場面でインボイス制度が絡んできます。

これらを正確にこなすには、手作業では限界があります。だからこそ、インボイス制度に対応した会計ソフトの導入が重要になるわけです。

インボイス制度で会計ソフトに求められる5つの機能

1. 適格請求書の発行機能

インボイス制度では、適格請求書（インボイス）の記載要件が法律で定められています。具体的には以下の6項目を漏れなく記載する必要があります。

• 適格請求書発行事業者の氏名または名称
• 登録番号（T＋13桁の数字）
• 取引年月日
• 取引の内容（軽減税率の対象品目はその旨を記載）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額および適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額

会計ソフトに請求書発行機能が備わっていれば、登録番号や税率区分を一度設定するだけで自動的に要件を満たした請求書が出力されます。Excelで手作りしている場合は、記載漏れに十分注意しなければなりません。

2. 消費税の端数処理ルールへの対応

インボイス制度では、消費税の端数処理は「1枚の請求書につき、税率ごとに1回ずつ」しか認められていません。商品ごとに端数処理をしてから合計する方式はNGです。

会計ソフトを使えばこの端数処理ルールが自動的に適用されるため、意識しなくても正しい処理ができます。手計算だと端数処理のタイミングを誤りやすいので注意してください。

3. 取引先の登録番号管理

仕入税額控除を受けるには、取引先が適格請求書発行事業者であることを確認する必要があります。会計ソフト上で取引先ごとに「課税事業者か免税事業者か」「登録番号は何か」を管理できる機能があると、日々の仕訳入力がスムーズです。

国税庁が運営する「適格請求書発行事業者公表サイト」を使えば、取引先の登録番号を検索・確認できます。定期的にチェックする習慣をつけておくと安心です。

4. 経過措置への自動対応

免税事業者からの仕入れについては、経過措置として一定割合の仕入税額控除が認められています。

この切り替えタイミングで消費税の計算ロジックが変わるため、会計ソフトが自動でアップデート対応してくれるかどうかは重要なチェックポイントです。クラウド型の会計ソフトであれば、法改正に合わせて自動的にアップデートされるのが一般的です。

5. 電子帳簿保存法との連携

メールやクラウドサービスで受け取った請求書PDFは、電子帳簿保存法に基づいて電子データのまま保存する義務があります。会計ソフトにファイル添付機能や電子帳簿保存法対応のストレージ機能があれば、インボイスの保存要件と電子帳簿保存法の要件を同時に満たせます。

2割特例の終了と今後の対応

インボイス制度の導入に伴い設けられた「2割特例」は、2026年9月30日を含む課税期間をもって終了します。個人事業主の場合、2026年分（2027年に行う確定申告）が2割特例を使える最後の年です。

2割特例が終了した後は、「本則課税」か「簡易課税」のいずれかを選択することになります。なお、個人事業主については「3割特例」が新設される見込みで、2027年分と2028年分の確定申告で適用できる予定です（国税庁 インボイス制度について）。

会計ソフトの中には、本則課税・簡易課税それぞれの納税額をシミュレーションできる機能を備えたものもあります。どちらが有利かは事業の経費率によって異なるため、こうしたシミュレーション機能を活用して事前に比較検討しておくことをおすすめします。

freee・マネーフォワード・弥生のインボイス対応を比較

freee会計のインボイス対応

freee会計は、インボイス制度への対応機能が充実しています。取引先ごとに「適格請求書発行事業者かどうか」を登録でき、仕入時の消費税控除額を自動で計算してくれます。

請求書の発行もfreee上で完結し、登録番号や税率区分が自動で反映されます。さらに、受け取った請求書をスキャンしてAI-OCRで読み取り、仕訳を自動提案する機能もあります。個人事業主向けのスタータープランは月額980円（税抜）から利用可能です（詳細はfreee公式サイトで確認してください）。

マネーフォワード クラウドのインボイス対応

マネーフォワード クラウドは、会計・請求書・経費精算・給与計算などのサービスが同一IDで連携しているのが強みです。マネーフォワード クラウド請求書で発行した適格請求書のデータが、自動的にクラウド会計に仕訳として取り込まれます。

銀行口座やクレジットカードとの連携先が非常に多く、明細の自動取得から仕訳提案まで一気通貫で処理できるのが特徴です。個人事業主向けのパーソナルミニプランは年額10,800円（税抜・月額換算900円）から利用できます（詳細はマネーフォワード公式サイトで確認してください）。

弥生会計のインボイス対応

弥生は個人事業主向けシェアで国内トップクラスの実績を持つ会計ソフトです。「やよいの青色申告 オンライン」では、インボイス制度に完全対応した消費税計算と、Misoca（ミソカ）との連携による適格請求書の発行が可能です。

弥生の大きなメリットは電話サポートの手厚さです。「操作方法がわからない」「この仕訳でいいのか不安」といった場面で、電話で直接質問できるのは心強い存在です。やよいの青色申告オンラインのセルフプランは初年度無料で利用できるキャンペーンを実施しています（詳細は弥生公式サイトで確認してください）。

3社の比較まとめ

どのソフトもインボイス制度の基本要件には対応済みです。選ぶポイントは「操作性」「連携サービス」「サポート体制」「料金」の4つ。それぞれの公式サイトで無料トライアルを試してから判断するのがベストです。

インボイス対応で見落としがちな落とし穴

取引先の登録番号を定期的に確認する

会計ソフトがインボイスに対応していても、取引先が適格請求書発行事業者かどうかは手動で確認・登録する必要があります。一度登録した取引先でも、登録を取り消すケースがあります。定期的に確認するクセをつけておくと安心です。

受け取った請求書の保存要件を守る

適格請求書を受け取った側にも保存義務があります。紙で受け取った場合は紙のまま保存するか、スキャナ保存の要件を満たして電子化する必要があります。メールやクラウドで受け取った電子データは、電子帳簿保存法に則って電子のまま保存しなければなりません。

少額特例の適用範囲を確認する

基準期間の課税売上高が1億円以下の事業者は、税込1万円未満の課税仕入れについてインボイスの保存がなくても仕入税額控除が認められる「少額特例」があります。ただし、この特例も2029年9月末で終了する予定です。自分が適用対象かどうか、会計ソフトの設定画面で確認しておきましょう。

Q&Aコーナー

Q1. 免税事業者はインボイス対応の会計ソフトを使わなくてもいい？

免税事業者のままであれば、適格請求書の発行義務はありません。ただし、取引先から適格請求書の発行を求められるケースは増えており、今後の事業拡大を考えるなら、インボイス対応の会計ソフトを使っておくと切り替え時にスムーズです。

Q2. 3社のうち、インボイス対応で一番差がつくポイントは？

基本的なインボイス対応機能はどのソフトも備えています。差がつくのは「請求書発行と会計の連動性」「取引先の登録番号管理のしやすさ」「経過措置の自動切り替え」の3点です。実際に無料プランやトライアルで触ってみて、自分の業務フローに合うかどうかを確かめましょう。

Q3. Excelで請求書を作っている場合、会計ソフトに切り替えるべき？

Excelでも適格請求書の要件を満たす書式で作成すること自体は可能です。ただし、端数処理ルールの遵守、登録番号の記載漏れ防止、消費税計算の自動化などを考えると、クラウド型の会計ソフトに移行するメリットは大きいと言えます。特に取引先が多い方ほど、ソフトの恩恵を感じやすいでしょう。

Q4. インボイス制度の経過措置が終わるとどうなる？

2029年10月以降は、免税事業者からの仕入れについて消費税の控除が一切できなくなります。取引先の課税事業者登録状況をしっかり管理し、仕入先の見直しも含めた対策が必要です。会計ソフトの取引先管理機能を活用して、早めに把握しておきましょう。

Q5. 会計ソフトのインボイス対応は追加料金がかかる？

freee・マネーフォワード・弥生いずれも、既存プランの範囲内でインボイス対応機能が含まれています。追加料金を払わなくても、法改正に合わせた自動アップデートで対応してくれます。ただし、プランによって使える機能に制限がある場合もあるので、自分のプランで必要な機能が使えるか確認しておきましょう。

まとめ

インボイス制度に正しく対応するためには、適格請求書の発行・保存要件を満たし、消費税の計算ロジックが制度変更に自動で追随してくれる会計ソフトの活用が欠かせません。

freee・マネーフォワード・弥生のいずれも基本的なインボイス対応は済んでいます。2026年10月には経過措置の控除割合が80%から50%に変わり、2割特例も終了するため、今のうちに会計ソフトの設定を見直し、今後の課税方式を検討しておくことが大切です。

まずは各社の無料プランやトライアルを使って、自分の業務に合う会計ソフトを見つけてみてください。

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