freeeで年末調整するやり方｜手順をステップごとにわかりやすく解説

毎年11月〜12月にかけてやってくる年末調整。従業員がいる事業者にとっては避けて通れない業務ですが、freee人事労務を使えば、書類の回収から源泉徴収票の発行まで一気通貫で処理できます。

とはいえ「実際にどんな手順でやればいいの？」「電子申告のやり方がわからない」といった疑問を持つ方は多いはずです。この記事では、freee人事労務を使った年末調整の流れを、ステップごとにわかりやすく解説します。

そもそも年末調整とは？

年末調整とは、毎月の給与から天引きしていた源泉所得税の「仮の金額」と、年間で本来納めるべき税額との差額を精算する手続きです。従業員を1人でも雇っている事業者は、原則として年末調整を行う義務があります。

具体的には、従業員の各種控除（配偶者控除・生命保険料控除・住宅ローン控除など）を反映させ、最終的な所得税額を確定させます。多くの場合、天引きしすぎた分が従業員に還付される形になります。

年末調整の対象期間は1月1日〜12月31日の1年間で、手続き自体は11月頃から準備を開始し、翌年1月31日までに税務署と市区町村への書類提出を完了させる必要があります。

freee人事労務で年末調整するメリット

従業員がスマホから申告できる

freee人事労務では、従業員がスマホやPCからオンラインで控除申告書を提出できます。紙の用紙を配布・回収する手間がなくなるため、管理者の負担が大幅に軽減されます。

従業員側も質問に答える形式で入力を進められるので、専門知識がなくてもスムーズに申告が完了します。保険料控除証明書や住宅ローン控除の書類も、スマホで撮影してアップロードするだけです。

計算・書類作成が自動化される

控除額の計算、過不足税額の算出、源泉徴収票の作成まで、freeeが自動で処理してくれます。手計算のミスがなくなるのはもちろん、法改正への対応もアップデートで自動的に反映されます。

電子申告（e-Tax・eLTAX）に対応

freee申告と連携することで、法定調書や給与支払報告書の電子申告まで完結できます。税務署や市区町村への郵送作業が不要になるため、年末調整にかかるトータルの作業時間を大きく短縮できます。

freeeで年末調整を行う全体の流れ

freee人事労務で年末調整を進めるにあたり、大きく分けて以下のステップで作業を進めます。ここからは各ステップを詳しく解説していきます。

ステップ1：事前準備を行う

まず、freee人事労務の管理画面から「年末調整」メニューを開き、年末調整の対象年度と基本情報を設定します。具体的には以下の項目を確認・入力します。

• 会社情報（法人名・住所・事業主名）
• 給与支払者の情報（税務署・市区町村コード）
• 対象従業員の在籍確認
• 年末調整の対象月（通常は12月支給分）

前年のデータが残っている場合は自動で引き継がれるため、変更がなければそのまま進められます。

ステップ2：従業員に申告書の入力を依頼する

管理者が「年末調整を開始する」ボタンを押すと、対象従業員に自動でメール通知が届きます。従業員はfreee人事労務にログインして、以下の情報を入力します。

• 扶養控除等申告書（配偶者や扶養親族の情報）
• 保険料控除申告書（生命保険・地震保険等の支払額）
• 住宅借入金等特別控除申告書（住宅ローン控除がある場合）
• 基礎控除申告書・配偶者控除等申告書・所得金額調整控除申告書

入力画面は質問に答えるだけで進められるウィザード形式なので、税務の専門知識がない従業員でも迷わず入力できます。

ステップ3：管理者が内容を確認・承認する

従業員の入力が完了したら、管理者は提出された内容を確認します。誤りや不足がある場合は、従業員に差し戻して再入力を依頼できます。問題なければ承認して次のステップに進みます。

この段階で、保険料控除証明書の原本が必要な場合は従業員から回収しておきましょう。freee上に画像をアップロードしてもらうこともできるので、紙の原本は保管用として受け取る形で問題ありません。

ステップ4：年末調整の計算を実行する

全従業員の申告情報が確定したら、「年末調整を計算する」ボタンを押して過不足税額を算出します。freeeが自動で以下の計算を行います。

• 年間の課税所得の算出
• 年税額の計算
• 毎月の源泉徴収税額との差額（過不足額）の算出

計算結果は従業員ごとに一覧で表示されるため、金額に不自然な点がないか目視でチェックしておくと安心です。

ステップ5：源泉徴収票を発行する

計算が完了したら、従業員ごとに源泉徴収票が自動生成されます。PDFでダウンロードすることも、freee上から従業員に直接配信することも可能です。

源泉徴収票は、従業員が確定申告をする場合や住宅ローンの審査時に必要になる重要書類です。速やかに発行して配布しましょう。

ステップ6：法定調書・給与支払報告書を提出する

年末調整の計算が完了したら、以下の書類を関係機関に提出します。

• 法定調書合計表・源泉徴収票：翌年1月31日までに税務署に提出
• 給与支払報告書：翌年1月31日までに各従業員の住所地の市区町村に提出

freee人事労務からfreee申告へデータを連携すると、e-Tax（国税）とeLTAX（地方税）での電子申告が可能です。郵送の手間が省けるうえ、提出の履歴もシステム上に残るため管理もしやすくなります。

freeeで年末調整するときの注意点

対応プランの確認

年末調整機能はfreee人事労務のすべてのプランで利用できますが、電子申告（freee申告との連携）は別途freee申告の契約が必要です。利用を検討している場合は、事前にプラン内容を確認しておきましょう。

従業員への早めの周知が大切

年末調整の精度は、従業員が正確に申告情報を入力できるかどうかにかかっています。入力期限を設定し、早めに案内を出すことで、回収漏れや入力ミスを減らせます。

中途入社・退職者への対応

年の途中で入社した従業員がいる場合は、前職の源泉徴収票の情報をfreeeに入力する必要があります。また、退職者で年末調整の対象となる方（12月に退職して再就職しない場合など）も忘れずに処理しましょう。

freee人事労務の年末調整に関するQ&A

Q. 年末調整はいつから始められる？

freee人事労務では例年10月下旬〜11月頃に年末調整機能がオープンします。具体的な開始時期はfreeeの公式サイトやヘルプセンターで案内されるので、時期が近づいたらチェックしておきましょう。

Q. 従業員が入力を間違えた場合はどうする？

管理者が「差し戻し」を行うことで、従業員が再入力できるようになります。差し戻し理由をコメントで伝えることもできるため、修正箇所を明確にして再提出を依頼しましょう。

Q. 個人事業主が自分の年末調整をfreeeでできる？

個人事業主本人には年末調整は不要です。年末調整は「給与所得者」に対して行うものなので、事業主自身は確定申告で所得税を精算します。ただし、従業員やアルバイトを雇っている場合は、そのスタッフ分の年末調整が必要になります。

Q. freee会計との連携は必要？

freee会計と連携していると、年末調整の結果が自動で会計データに反映され、仕訳の手入力が不要になります。会計業務の効率化を考えると、連携しておくのがおすすめです。

まとめ

freee人事労務を使った年末調整は、事前準備→従業員の入力→確認・承認→計算→源泉徴収票発行→電子申告という流れで進めます。紙の書類を配布・回収する手間がなくなり、計算も自動化されるため、年末調整業務の時間を大幅に短縮できます。

特に従業員数が増えてくると、手作業での年末調整は限界があります。freee人事労務の年末調整機能を活用して、正確かつ効率的に業務を進めましょう。

参考リンク：freee人事労務での年末調整の流れ（freee公式ヘルプ）

参考リンク：年末調整の手引き（国税庁）