インボイスで課税事業者を選択するメリットとは？負担を抑える方法も紹介

インボイス制度の導入により、免税事業者のまま事業を続けるか、あえて課税事業者になるかの判断を迫られている方は少なくありません。「課税事業者になると消費税を払わないといけないんでしょ？」と不安に思うのは当然です。

しかし、課税事業者を選択することで得られるメリットもきちんと存在します。特にBtoB取引が中心のフリーランスや個人事業主にとっては、登録しないことのリスクのほうが大きい場合も珍しくありません。

この記事では、課税事業者を選択するメリット・デメリットを整理し、負担を最小限に抑えるための制度活用法まで詳しく解説します。

ナビ助

課税事業者って聞くと「損する」イメージがあるかもしれないけど、取引の継続や信用面ではプラスになることも多いんだ。一緒に整理していこう！

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課税事業者を選択するメリット

取引先との関係を維持できる

課税事業者になる最大のメリットは、取引先に対してインボイス（適格請求書）を発行できるようになることです。取引先が課税事業者の場合、インボイスなしでは仕入税額控除ができないため、免税事業者との取引を避ける動きが出ています。

実際に、「インボイス登録事業者でないと取引できません」という条件を提示する企業も増えているため、課税事業者を選択することで既存の取引を守ることができます。

新規取引の獲得チャンスが広がる

新規取引の際に、インボイス発行事業者であることを条件とする企業が増えています。課税事業者として登録しておくことで、取引先選定の段階で不利になることを防げます。フリーランスがエージェント経由で仕事を受ける場合も、登録の有無を確認されるケースが多くなっています。

消費税の還付を受けられる可能性がある

課税事業者には、売上にかかる消費税より仕入にかかる消費税のほうが多い場合に「消費税の還付」を受けられるメリットがあります。設備投資を多く行う事業や、輸出取引がある事業では還付が発生することがあります。

免税事業者のままでは消費税の還付を受けることはできないため、事業の状況によっては課税事業者のほうが有利になるケースもあります。

取引先からの信頼感が高まる

インボイス発行事業者として登録されていることは、「きちんと税務対応をしている事業者」という印象を取引先に与えます。登録番号は国税庁の公表サイトで誰でも確認できるため、一定の信頼性担保にもなります。

課税事業者を選択するデメリット

消費税の納税義務が発生する

課税事業者になると、売上にかかる消費税から仕入にかかる消費税を差し引いた金額を国に納める義務が生じます。免税事業者であれば不要だったコストが新たに発生する点は、最大のデメリットです。

経理・事務の負担が増える

適格請求書の発行・保存、消費税の確定申告書の作成など、免税事業者にはなかった事務作業が必要になります。

注意

課税事業者になると、消費税の確定申告を毎年行う必要があります。所得税の確定申告とは別に、消費税の申告書を作成・提出しなければなりません。申告漏れや期限遅れにはペナルティが発生するため、スケジュール管理が重要です。

簡単には免税事業者に戻れない

インボイスの登録を取り消すことは可能ですが、翌課税期間の初日から30日前までに届出書を提出する必要があり、すぐに免税事業者に戻れるわけではありません。登録には慎重な判断が求められます。

ナビ助

デメリットはたしかにあるけど、2割特例や簡易課税をうまく使えば、実際の負担はかなり抑えられるんだよ。次のセクションで詳しく説明するね。

消費税の負担を抑える3つの方法

方法1：2割特例を活用する

インボイス制度をきっかけに課税事業者になった方を対象に、売上にかかる消費税の2割だけを納付すればOKという特例措置があります（国税庁 2割特例の概要）。

ポイント

適用期間：2023年10月1日〜2026年9月30日までの申告分
事前届出は不要（確定申告時に選択するだけ）
業種区分の判定も不要
本則課税・簡易課税のどちらかより有利なほうを選択可能

たとえば年間売上550万円（税込）のフリーランスの場合、消費税額は50万円。2割特例なら納付額は10万円で済みます。

方法2：3割特例への移行（個人事業者向け）

2割特例の終了後は、個人事業者を対象に「3割特例」が用意されています。令和9年分（2027年）と令和10年分（2028年）の2年間、納付税額を売上にかかる消費税額の3割とすることができます。ただし、法人は対象外です。

方法3：簡易課税制度を選択する

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者は、簡易課税制度を利用できます。この制度では業種に応じた「みなし仕入率」で消費税を計算するため、経費の集計が不要になります。

ポイント

主な業種のみなし仕入率

第1種（卸売業）：90%
第2種（小売業）：80%
第3種（製造業等）：70%
第4種（飲食店業等）：60%
第5種（サービス業等）：50%
第6種（不動産業）：40%

たとえばサービス業（第5種・みなし仕入率50%）で年間売上550万円（税込）の場合、消費税額50万円の50%が仕入控除できるため、納付額は25万円です。2割特例より高くなるため、特例が使える間は2割特例のほうが有利です。

課税事業者選択の手続き方法

インボイス発行事業者の登録申請

「適格請求書発行事業者の登録申請書」を税務署に提出します。e-Taxからのオンライン申請も可能で、申請から登録まではおおむね1〜2か月程度かかります。

免税事業者が登録する場合は、登録日から課税事業者となります。「消費税課税事業者選択届出書」の提出は不要です（インボイスの経過措置として免除されています）。

会計ソフトのインボイス対応設定

課税事業者になったら、会計ソフトの消費税設定を更新しましょう。主要なクラウド会計ソフト（freee、マネーフォワードクラウド、弥生会計オンライン）はインボイス制度に対応しており、登録番号の設定や消費税区分の自動判定をサポートしています。

関連記事: freeeで確定申告するやり方を完全解説

関連記事: 消費税の簡易課税と本則課税の違い｜どっちを選ぶべきかスッキリ解説

ナビ助

手続きって面倒なイメージだけど、e-Taxなら自宅からサクッと申請できるよ。会計ソフトの設定も一度やっちゃえば後はラクだから安心してね。

よくある質問（Q&A）

Q. 売上が1,000万円以下でも課税事業者になる意味はありますか？

BtoB取引がメインの場合、取引先がインボイスを求めるケースが増えているため、課税事業者になる意味はあります。2割特例を使えば納税額を抑えられるため、取引維持と納税負担のバランスを考えて判断するのが賢明です。

Q. 2割特例が終わったらどうすればいいですか？

個人事業者であれば3割特例に移行するか、簡易課税制度の届出を行いましょう。2割特例の終了前に、次の課税期間に向けた対策を検討しておくことをおすすめします。

Q. 課税事業者選択届出書は必要ですか？

免税事業者がインボイス発行事業者として登録する場合、「消費税課税事業者選択届出書」は不要です。登録申請書のみで手続きが完了します。

Q. 課税事業者になった後に売上が下がったらどうなりますか？

インボイスの登録を取り消さない限り、売上が1,000万円以下に下がっても課税事業者のままです。ただし、登録の取消届出書を提出すれば、翌課税期間から免税事業者に戻ることも可能です。その場合、インボイスの発行もできなくなるので、取引先への影響を考慮して判断してください。

Q. 本則課税と簡易課税はどちらを選ぶべきですか？

仕入や経費が少ないサービス業（コンサルティング、デザイン、ライティングなど）は、簡易課税のほうが有利なケースが多いです。一方、仕入が多い小売業や製造業は本則課税のほうが有利になることもあります。自分の業種と経費のバランスを見て判断しましょう。会計ソフトでシミュレーションすれば、どちらが得かを具体的な数字で確認できます。