確定申告の医療費控除とセルフメディケーション税制の違い｜どっちがお得か徹底比較

病院に行った費用やドラッグストアで買った薬代、確定申告で戻ってくるなら活用したいところです。ただ、いざ申告しようとすると「医療費控除」と「セルフメディケーション税制」の2つの制度があって迷ってしまう方も多いのではないでしょうか。

この2つの制度はどちらか一方しか使えないため、選び方を間違えると損をしてしまうケースもあります。この記事では、それぞれの制度の仕組みや対象範囲、控除額の違いを比較しながら、どちらを選ぶべきかの判断基準をわかりやすく解説します。

医療費控除の仕組みと対象範囲

医療費控除は、1年間（1月1日～12月31日）に支払った医療費が一定額を超えた場合に、その超えた分を所得から差し引ける制度です。自分だけでなく、生計を一にする配偶者や親族の医療費も合算できるのが大きな特徴です。

対象となる費用

医療費控除の対象は幅広く、以下のような費用が含まれます。

• 病院・歯科医院での診察料や治療費
• 処方薬の費用
• 入院時の部屋代や食事代（差額ベッド代を除く）
• 通院のための交通費（公共交通機関）
• 治療目的のマッサージ・鍼灸の費用
• 妊娠・出産にかかる費用（妊婦健診、分娩費用など）
• 介護保険サービスの自己負担分（一部対象外あり）

ただし、美容整形や予防接種、健康診断の費用（病気が見つからなかった場合）など、治療目的ではないものは対象外です。

控除額の計算方法

医療費控除額の計算式は以下のとおりです。

セルフメディケーション税制の仕組みと対象範囲

セルフメディケーション税制は、医療費控除の「特例」として設けられた制度です。ドラッグストアなどで購入した対象のOTC医薬品（市販薬）の年間購入額が12,000円を超えた場合に、その超えた分を所得から差し引けます。

適用を受けるための条件

この制度を利用するには、申告する本人が以下のような「健康の保持増進及び疾病の予防に関する一定の取組」を行っている必要があります。

• 会社の定期健康診断
• 市区町村の健康診査（特定健診）
• 人間ドック
• 予防接種（インフルエンザワクチンなど）
• がん検診

対象となる医薬品

対象となるのは、もともと医師の処方が必要だった成分が市販薬に転用された「スイッチOTC医薬品」と、それと同等の効能を持つ一定の医薬品です。風邪薬、胃腸薬、花粉症の薬、鎮痛剤など、日常的に購入する薬の多くが対象に含まれています。

対象の医薬品にはパッケージに識別マークが付いているほか、レシートにも対象商品であることが明記されています。厚生労働省のウェブサイト（セルフメディケーション税制について）で、対象品目の一覧を確認できます。

控除額の計算方法

医療費控除とセルフメディケーション税制の違いを比較

2つの制度を一覧表で比較してみましょう。

比較項目	医療費控除	セルフメディケーション税制
対象費用	医療費全般（治療・入院・通院交通費など）	対象OTC医薬品の購入費のみ
控除の下限	10万円（または所得の5%）	12,000円
控除の上限	200万円	88,000円
健康への取組	不要	必要（健診・予防接種など）
家族の分	合算可能	合算可能
併用	どちらか一方のみ選択適用

どちらを選ぶべきか？判断基準を解説

結論から言うと、年間の医療費が10万円を超えるなら医療費控除を選んだ方が有利なケースがほとんどです。セルフメディケーション税制は控除上限が88,000円と小さいため、医療費が多い年は医療費控除の方が節税効果は大きくなります。

セルフメディケーション税制を選んだ方がいいケース

• 病院にはあまり行かないが、ドラッグストアでよく市販薬を買う
• 年間の医療費が10万円に届かないが、対象医薬品の購入額が12,000円を超える
• 家族全体の医療費を集めても10万円に届かない

医療費控除を選んだ方がいいケース

• 入院や手術など高額な医療費がかかった年
• 家族全体の医療費が10万円を超えている
• 歯科治療（自費の矯正やインプラントなど）を受けた
• 妊娠・出産にかかった費用がある

確定申告での手続き方法

どちらの制度を使う場合も、確定申告が必要です。それぞれの手続きに必要な書類を確認しておきましょう。

医療費控除の必要書類

• 医療費控除の明細書：医療費の内訳を記載する書類（領収書の添付は不要だが5年間の保管義務あり）
• 確定申告書
• 源泉徴収票（給与所得者の場合）
• 健康保険組合から届く「医療費のお知らせ（医療費通知）」があると記入がラク

セルフメディケーション税制の必要書類

• セルフメディケーション税制の明細書：対象医薬品の購入明細を記載
• 確定申告書
• 「一定の取組」を行ったことを証明する書類（健診結果通知書、予防接種の領収書など）
• 対象医薬品のレシート（5年間の保管義務あり）

e-Taxを使えばオンラインで申告できます。国税庁の確定申告書等作成コーナー（国税庁 確定申告書等作成コーナー）で画面の案内に沿って入力すれば、自動で控除額が計算されます。

会計ソフトを使えば申告がもっとラクに

医療費控除やセルフメディケーション税制の申告は、会計ソフトを使えば驚くほどスムーズに進みます。freee、マネーフォワード クラウド確定申告、やよいの青色申告オンラインなどの主要な会計ソフトには、医療費控除の明細書を自動で作成する機能が搭載されています。

特にfreeeは、スマホアプリからレシートを撮影して取り込む機能があるため、日々の医薬品購入を記録しておくのに便利です。確定申告の時期になってから慌ててレシートを探す手間がなくなります。

会計ソフトの選び方については「会計ソフトの選び方ガイド｜失敗しない5つのチェックポイント」の記事も参考にしてみてください。

よくある質問（Q&A）

Q. 医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できる？

A. できません。どちらか一方を選んで申告する「選択適用」の関係にあります。同じ年に両方を適用することはできないため、どちらがお得かを計算してから申告しましょう。

Q. 家族の分もまとめて申告できる？

A. どちらの制度でも、生計を一にする配偶者やその他の親族の分を合算できます。所得の高い方がまとめて申告した方が節税効果は大きくなります。

Q. セルフメディケーション税制の対象かどうかはどうやって見分ける？

A. 対象の医薬品にはパッケージに共通識別マーク（セルフメディケーション税控除対象のマーク）が付いています。また、購入時のレシートに「★」マーク等で対象商品であることが表示されるので確認しましょう。

Q. セルフメディケーション税制の適用期限はいつまで？

A. 記事執筆時点では、令和8年（2026年）12月31日までの購入分が対象です。今後の税制改正で延長される可能性もあるため、最新の情報は国税庁のウェブサイトで確認してください。

Q. 10万円と12,000円、金額が中途半端なのはなぜ？

A. 医療費控除の10万円は「日常的な医療費の自己負担分」として設定された足切りラインです。一方、セルフメディケーション税制の12,000円は月あたり1,000円程度の薬代に相当し、「健康維持のための最低限の自己負担」として設定されています。

具体的なシミュレーションで比較してみよう

どちらの制度がお得かは、実際に数字を入れて計算してみるとわかりやすいです。以下のケースで比較してみましょう。

ケース1：年間医療費が15万円の場合

家族全体の医療費が15万円（保険金の補填なし）の場合、医療費控除額は15万円 − 10万円 ＝ 5万円です。所得税率20%なら約1万円、住民税と合わせると約1.5万円の節税効果があります。

ケース2：対象医薬品の年間購入額が5万円の場合

市販薬の購入額が5万円の場合、セルフメディケーション税制の控除額は5万円 − 1.2万円 ＝ 3.8万円です。所得税率20%なら約7,600円、住民税と合わせると約1.1万円の節税効果です。

ケース3：両方の条件を満たす場合

医療費が12万円、対象医薬品が3万円（合計15万円）の場合を考えてみましょう。

• 医療費控除を選んだ場合：（12万円 + 3万円）− 10万円 ＝ 5万円の控除
• セルフメディケーション税制を選んだ場合：3万円 − 1.2万円 ＝ 1.8万円の控除

この場合は医療費控除を選んだ方が約3.2万円分多く控除を受けられます。対象医薬品は医療費控除の医療費にも含められるため、合算した方が有利です。

国税庁の確定申告書等作成コーナー（国税庁 セルフメディケーション税制とは）では、どちらの制度を選ぶべきかのフローチャートも公開されていますので、参考にしてみてください。

まとめ

医療費控除とセルフメディケーション税制は、対象範囲も控除額の上限も大きく異なります。ポイントを整理すると以下のとおりです。

• 病院代が多い年、入院・出産があった年は「医療費控除」
• 病院にはあまり行かず、市販薬をよく買う年は「セルフメディケーション税制」
• どちらか一方しか選べないので、事前にシミュレーションが大切
• レシート・領収書は年間を通じて保管しておく

年末が近づいたら、その年の医療費と対象医薬品の購入額をそれぞれ集計して、どちらの制度を使った方が還付額が大きくなるか比較してみてください。会計ソフトを活用すれば、集計も申告書の作成もスムーズに進みます。

確定申告全般の流れについては「確定申告のやり方を初めての人向けに解説｜全体の流れが5分でわかる」も合わせてご覧ください。